CrystFELなんとか動くようになりました

いろいろ苦労しましたが、Mac OSX上でCrystFELが動くようになりました。下の画像は例題のタンパク質のX線回折パターンをシミュレーションしたものです。とりあえず良かった。
sim-10.h5

以下備忘録です。

CCP4_SCR(スクラッチファイルをいれるフォルダ)の書き込みパーミッションがなされていなかった。具体的には/tmp/usernameフォルダに書き込みパーミッションを指定することでCCP4のプログラム群が正常に動くようになりました。

シェル(.cshrc)にCrystFELのPATHを追加してなかった。
setenv PATH=/usr/local/crystfel:$PATH
を追加。これでCrystFELのプログラム群が動くようになりました。まあ、あたりまえのことですが、、、

もう一つ。CCP4はMacのアプリケーションフォルダーにインストールしたので、コマンドラインで使用するには以下のセットアップシェルを動かして、pathなどを通してあげなければなりません。
source /Applications/ccp4-6.3.0/bin/ccp4.setup-csh
私は、.cshrcに組み込みました。

by Tadashi

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